Manizales sobre cenizas: suelos volcánicos, agua escondida y el legado de Fernando Sánchez Zapata

 

Catálogo de Software Libre y de Código Abierto para Ciencias en GNU/Linux

Ciencias de la Tierra

1. QGIS - Sistema de Información Geográfica completo para visualización, edición y análisis de datos geoespaciales.
   • Web: https://qgis.org/
   • Usos: Cartografía, planificación urbana, gestión ambiental, estudios de impacto, análisis territorial.
2. GMT (Generic Mapping Tools) - Colección de herramientas para procesamiento y visualización de datos geoespaciales.
   • Web: https://www.generic-mapping-tools.org/
   • Usos: Oceanografía, sismología, geodesia, representación de datos geofísicos.
3. GPlates - Software para visualización y manipulación de datos de tectónica de placas.
   • Web: https://www.gplates.org/
   • Usos: Investigación geológica, reconstrucción paleomagnética, educación en ciencias de la tierra.
4. GRASS GIS - Sistema de Información Geográfica potente para gestión y análisis de datos geoespaciales, procesamiento de imágenes y modelado espacial.
   • Web: https://grass.osgeo.org/
   • Usos: Análisis ambiental, gestión de recursos naturales, modelado hidrológico.
5. SAGA GIS - Sistema para análisis geocientíficos automatizados con énfasis en métodos de geomorfometría.
   • Web: http://www.saga-gis.org/
   • Usos: Análisis del terreno, hidrología, climatología, geomorfología.
6. OpenDroneMap - Suite de herramientas para procesar imágenes aéreas.
   • Web: https://www.opendronemap.org/
   • Usos: Fotogrametría, mapeo con drones, agricultura de precisión.
7. Whitebox GAT - Software geoespacial avanzado para análisis del terreno.
   • Web: https://www.whiteboxgeo.com/geospatial-software/
   • Usos: Hidrología, análisis geomorfológico, modelado de erosión.
8. PCL (Point Cloud Library) - Biblioteca para procesamiento de nubes de puntos 2D/3D.
   • Web: https://pointclouds.org/
   • Usos: LiDAR, escaneado 3D, reconstrucción de superficies.
9. Marble - Globo virtual y atlas mundial.
   • Web: https://marble.kde.org/
   • Usos: Educación, visualización geográfica, navegación.
10. TerraMA² - Sistema para monitoreo, análisis y alerta de riesgos ambientales.
    • Web: http://www.terrama2.dpi.inpe.br/
    • Usos: Alertas de inundaciones, incendios forestales, sequías.

Matemáticas

1. SageMath - Sistema algebraico computacional que integra diversos paquetes matemáticos.
   • Web: https://www.sagemath.org/
   • Usos: Investigación en álgebra, geometría, teoría de números, criptografía.
2. Octave - Lenguaje de alto nivel para cálculos numéricos, compatible con MATLAB.
   • Web: https://www.gnu.org/software/octave/
   • Usos: Ingeniería, física, matemática aplicada, procesamiento de señales.
3. Maxima - Sistema para manipulación de expresiones simbólicas y numéricas.
   • Web: http://maxima.sourceforge.net/
   • Usos: Cálculo, ecuaciones diferenciales, series, matrices.
4. GeoGebra - Software interactivo para geometría, álgebra, estadística y cálculo.
   • Web: https://www.geogebra.org/
   • Usos: Educación matemática, visualización de conceptos, creación de materiales didácticos.
5. Axiom - Sistema de álgebra computacional con fuerte base teórica.
   • Web: http://axiom-developer.org/
   • Usos: Matemática avanzada, desarrollo de algoritmos matemáticos.
6. GAP (Groups, Algorithms, Programming) - Sistema para álgebra discreta, especializado en teoría de grupos.
   • Web: https://www.gap-system.org/
   • Usos: Investigación en álgebra abstracta, teoría de grupos, combinatoria.
7. Singular - Sistema para álgebra conmutativa, geometría algebraica y física teórica.
   • Web: https://www.singular.uni-kl.de/
   • Usos: Investigación en geometría algebraica, singularidades.
8. Cadabra - Sistema de álgebra computacional especializado en teoría de campos.
   • Web: https://cadabra.science/
   • Usos: Física teórica, relatividad general, teoría cuántica de campos.
9. PARI/GP - Sistema para teoría de números, álgebra y cálculo numérico avanzado.
   • Web: https://pari.math.u-bordeaux.fr/
   • Usos: Teoría de números, criptografía, álgebra computacional.
10. SymPy - Biblioteca de Python para matemática simbólica.
    • Web: https://www.sympy.org/
    • Usos: Cálculo, álgebra lineal, ecuaciones diferenciales, física.

Estadística y Ciencia de Datos

1. R - Lenguaje y entorno para análisis estadístico y gráficos.
   • Web: https://www.r-project.org/
   • Usos: Investigación estadística, bioinformática, econometría, ciencia de datos.
2. JASP - Software estadístico amigable con enfoque en estadística bayesiana.
   • Web: https://jasp-stats.org/
   • Usos: Psicología, ciencias sociales, bioestadística.
3. PSPP - Alternativa a SPSS para análisis estadístico.
   • Web: https://www.gnu.org/software/pspp/
   • Usos: Ciencias sociales, educación, investigación de mercados.
4. RKWard - Interfaz gráfica para R con énfasis en usabilidad.
   • Web: https://rkward.kde.org/
   • Usos: Educación estadística, análisis exploratorio de datos.
5. Jamovi - Software estadístico moderno basado en R.
   • Web: https://www.jamovi.org/
   • Usos: Psicología, ciencias de la salud, educación.
6. Orange - Software de minería de datos y aprendizaje automático con interfaz visual.
   • Web: https://orangedatamining.com/
   • Usos: Análisis predictivo, clasificación, clustering, visualización de datos.
7. KNIME - Plataforma de análisis de datos, integración y reportes.
   • Web: https://www.knime.com/
   • Usos: Ciencia de datos, analítica empresarial, química informática.
8. Weka - Colección de algoritmos de aprendizaje automático para minería de datos.
   • Web: https://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/
   • Usos: Clasificación, regresión, clustering, reglas de asociación.
9. Gretl - Paquete de software para econometría.
   • Web: http://gretl.sourceforge.net/
   • Usos: Análisis económico, series temporales, modelos econométricos.
10. DataMelt - Plataforma para análisis numérico, estadística y minería de datos.
    • Web: https://datamelt.org/
    • Usos: Física, análisis estadístico, visualización multidimensional.

Física

1. Elmer - Software para simulación de elementos finitos para física multidisciplinar.
   • Web: https://www.elmerfem.org/
   • Usos: Mecánica de fluidos, transferencia de calor, electromagnetismo, acústica.
2. OpenMM - Toolkit para simulaciones de dinámica molecular.
   • Web: https://openmm.org/
   • Usos: Biofísica, diseño de fármacos, ciencia de materiales.
3. Quantum ESPRESSO - Conjunto de herramientas para cálculos de estructura electrónica.
   • Web: https://www.quantum-espresso.org/
   • Usos: Física del estado sólido, propiedades de materiales.
4. LAMMPS - Simulador de dinámica molecular para materiales.
   • Web: https://www.lammps.org/
   • Usos: Ciencia de materiales, biofísica, polímeros, semiconductores.
5. OpenFOAM - Plataforma para mecánica de fluidos computacional.
   • Web: https://www.openfoam.com/
   • Usos: Aerodinámica, transferencia de calor, combustión, flujos multifásicos.
6. Geant4 - Toolkit para simulación del paso de partículas a través de la materia.
   • Web: https://geant4.web.cern.ch/
   • Usos: Física de altas energías, medicina nuclear, protección radiológica.
7. Root - Framework para análisis de datos en física de partículas.
   • Web: https://root.cern/
   • Usos: Análisis estadístico, visualización y almacenamiento en física de alta energía.
8. Siesta - Software para simulaciones de estructura electrónica.
   • Web: https://departments.icmab.es/leem/siesta/
   • Usos: Nanociencia, materiales, química computacional.
9. CP2K - Programa para simulaciones en química cuántica y física del estado sólido.
   • Web: https://www.cp2k.org/
   • Usos: Simulaciones ab-initio, dinámica molecular.
10. SU2 - Suite para simulaciones numéricas y optimización de diseño.
    • Web: https://su2code.github.io/
    • Usos: Aerodinámica, turbomaquinaria, combustión, aeroacústica.

Química

1. Avogadro - Editor molecular avanzado para modelado, visualización y análisis.
   • Web: https://avogadro.cc/
   • Usos: Diseño molecular, educación química, visualización 3D.
2. OpenBabel - Herramienta para convertir formatos de archivos químicos.
   • Web: http://openbabel.org/
   • Usos: Quimioinformática, conversión entre formatos moleculares.
3. RDKit - Colección de herramientas de quimioinformática y aprendizaje automático.
   • Web: https://www.rdkit.org/
   • Usos: Descubrimiento de fármacos, análisis QSAR, screening virtual.
4. GAMESS - Programa de estructura electrónica general para química computacional.
   • Web: https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/
   • Usos: Química cuántica, propiedades moleculares, reactividad.
5. NWChem - Software escalable para química computacional.
   • Web: https://nwchemgit.github.io/
   • Usos: Simulaciones moleculares, química cuántica, diseño de materiales.
6. Jmol/JSmol - Visualizador de estructuras químicas interactivo.
   • Web: http://jmol.sourceforge.net/
   • Usos: Visualización de moléculas, educación química, cristalografía.
7. XDrawChem - Editor de estructuras químicas.
   • Web: https://sourceforge.net/projects/xdrawchem/
   • Usos: Dibujo de moléculas, educación.
8. AutoDock Vina - Software para docking molecular y diseño de fármacos.
   • Web: http://vina.scripps.edu/
   • Usos: Interacción proteína-ligando, descubrimiento de fármacos.
9. OpenMM - Biblioteca para simulaciones moleculares con aceleración GPU.
   • Web: https://openmm.org/
   • Usos: Dinámica molecular, bioquímica, diseño de fármacos.
10. PyMOL - Sistema de visualización molecular.
    • Web: https://pymol.org/
    • Usos: Biología estructural, diseño de fármacos, visualización de proteínas.

Biología

1. UGENE - Software integrado para análisis de secuencias biológicas.
   • Web: http://ugene.net/
   • Usos: Genómica, proteómica, análisis de ADN/ARN.
2. BioConductor - Conjunto de herramientas para análisis de datos genómicos basado en R.
   • Web: https://www.bioconductor.org/
   • Usos: Bioinformática, secuenciación, análisis de expresión génica.
3. CellProfiler - Software para análisis de imágenes biológicas.
   • Web: https://cellprofiler.org/
   • Usos: Biología celular, screening de alto rendimiento, fenotipado.
4. Jalview - Análisis y visualización de alineamientos de secuencias múltiples.
   • Web: https://www.jalview.org/
   • Usos: Análisis filogenético, alineamiento de proteínas y ADN.
5. EMBOSS - Paquete de software de análisis de secuencias de código abierto europeo.
   • Web: http://emboss.sourceforge.net/
   • Usos: Análisis de secuencias, búsqueda de patrones, traducción.
6. Artemis - Visualizador y anotador de genomas.
   • Web: https://www.sanger.ac.uk/tool/artemis/
   • Usos: Anotación genómica, visualización de características.
7. Galaxy - Plataforma web para análisis de datos biológicos accesibles.
   • Web: https://galaxyproject.org/
   • Usos: Bioinformática, análisis reproducible, NGS.
8. Cytoscape - Plataforma para visualización de redes moleculares complejas.
   • Web: https://cytoscape.org/
   • Usos: Análisis de redes biológicas, interactómica, genómica.
9. MEGA - Análisis de evolución molecular y genética.
   • Web: https://www.megasoftware.net/
   • Usos: Análisis filogenético, evolución molecular.
10. Geneious - Suite integrada para análisis de ADN, ARN y proteínas.
    • Web: https://www.geneious.com/ (versión libre limitada)
    • Usos: Ensamblado de secuencias, anotación genómica, filogenia.

Astronomía y Astrofísica

1. Stellarium - Planetario de código abierto.
   • Web: https://stellarium.org/
   • Usos: Educación astronómica, planificación de observaciones, divulgación.
2. Celestia - Simulador espacial 3D en tiempo real.
   • Web: https://celestia.space/
   • Usos: Visualización astronómica, educación espacial.
3. KStars - Planetario de escritorio.
   • Web: https://edu.kde.org/kstars/
   • Usos: Astronomía amateur, control de telescopios, planificación de observaciones.
4. TOPCAT - Herramienta para procesamiento de catálogos y tablas astronómicas.
   • Web: http://www.star.bris.ac.uk/~mbt/topcat/
   • Usos: Análisis de datos astronómicos, visualización.
5. SAOImage DS9 - Aplicación para visualización de datos astronómicos.
   • Web: https://sites.google.com/cfa.harvard.edu/saoimageds9
   • Usos: Análisis de imágenes astronómicas, investigación profesional.
6. Astropy - Biblioteca Python para astronomía.
   • Web: https://www.astropy.org/
   • Usos: Análisis de datos astronómicos, cosmología, astroestadística.
7. SPLAT-VO - Herramienta para análisis de espectros astronómicos.
   • Web: http://star-www.dur.ac.uk/~pdraper/splat/splat-vo/
   • Usos: Espectroscopia, observatorio virtual.
8. Aladin - Atlas interactivo del cielo.
   • Web: https://aladin.u-strasbg.fr/
   • Usos: Visualización de imágenes astronómicas, catálogos.
9. AstrOmatic - Conjunto de herramientas para procesamiento de imágenes astronómicas.
   • Web: https://www.astromatic.net/
   • Usos: Fotometría, astrometría, extracción de fuentes.
10. CASA - Common Astronomy Software Applications.
    • Web: https://casa.nrao.edu/
    • Usos: Radioastronomía, procesamiento de datos de interferometría.

Modelado e Impresión 3D

1. Blender - Herramienta de modelado, animación y renderizado 3D.
   • Web: https://www.blender.org/
   • Usos: Diseño científico, visualización de datos 3D, animaciones científicas.
2. FreeCAD - Modelador paramétrico 3D para diseño mecánico.
   • Web: https://www.freecadweb.org/
   • Usos: Diseño de instrumentos científicos, piezas mecánicas, prototipos.
3. OpenSCAD - Diseño 3D basado en script para objetos sólidos.
   • Web: https://www.openscad.org/
   • Usos: Diseño paramétrico, modelos matemáticos, impresión 3D científica.
4. Cura - Software de preparación para impresión 3D.
   • Web: https://ultimaker.com/software/ultimaker-cura
   • Usos: Impresión de modelos científicos, prototipos, instrumentación.
5. Slic3r - Generador de G-code para impresoras 3D.
   • Web: https://slic3r.org/
   • Usos: Fabricación de equipamiento científico, modelos moleculares.

Ciencias en General

1. Jupyter - Entorno interactivo para programación científica y visualización de datos.
   • Web: https://jupyter.org/
   • Usos: Ciencia de datos, análisis reproducible, educación científica.
2. ParaView - Aplicación para visualización y análisis de datos científicos.
   • Web: https://www.paraview.org/
   • Usos: Visualización de grandes conjuntos de datos, simulaciones numéricas.
3. Zotero - Gestor de referencias bibliográficas.
   • Web: https://www.zotero.org/
   • Usos: Gestión bibliográfica, organización de literatura científica.
4. OpenRefine - Herramienta para limpieza y transformación de datos.
   • Web: https://openrefine.org/
   • Usos: Preparación de datos, normalización, limpieza de conjuntos de datos.
5. LibreOffice - Suite ofimática completa que incluye Calc y Math.
   • Web: https://www.libreoffice.org/
   • Usos: Documentación científica, hojas de cálculo, informes.
6. Inkscape - Editor de gráficos vectoriales profesional.
   • Web: https://inkscape.org/
   • Usos: Diagramas científicos, figuras para publicaciones, pósters.
7. GIMP - Programa de edición de imágenes.
   • Web: https://www.gimp.org/
   • Usos: Procesamiento de imágenes científicas, figuras para publicaciones.
8. VisIt - Herramienta para visualización, animación y análisis de datos científicos.
   • Web: https://visit-dav.github.io/visit-website/
   • Usos: Visualización de simulaciones científicas, grandes conjuntos de datos.
9. LabPlot - Aplicación para análisis y visualización de datos científicos.
   • Web: https://labplot.kde.org/
   • Usos: Análisis de datos experimentales, visualización científica.
10. Veusz - Aplicación científica para creación de gráficos y visualizaciones.
    • Web: https://veusz.github.io/
    • Usos: Creación de gráficos científicos para publicaciones, análisis de datos.
11. Gnuplot - Programa para generación de gráficos de funciones y datos.
    • Web: http://www.gnuplot.info/
    • Usos: Visualización de datos experimentales, funciones matemáticas.
12. GNU Octave Forge - Paquetes adicionales para Octave específicos para diferentes disciplinas.
    • Web: https://octave.sourceforge.io/
    • Usos: Señales, control, estadística, optimización.
13. SciDAVis - Aplicación para análisis científico de datos y visualización.
    • Web: http://scidavis.sourceforge.net/
    • Usos: Análisis de datos experimentales, visualización científica.
14. GitLab/GitHub - Plataformas para control de versiones y colaboración científica.
    • Web: https://gitlab.com/ / https://github.com/
    • Usos: Ciencia abierta, reproducibilidad, colaboración.
15. Pandoc - Convertidor universal de documentos.
    • Web: https://pandoc.org/
    • Usos: Publicación científica, conversión entre formatos de documentos.